
Наиболее крупная река, находящаяся в заповеднике – это Чулышман. Длина ее составляет десять километров. Также здесь находится самый большой водопад на Алтае - Чульчинский водопад. В этом водопаде вода падает с высоты 150 метров. Горные районы заповедника имеют большое количество источников и родников с чистой холодной водой. А горные озера заповедника просто необыкновенной красоты. Они занимают площадь в 15 тысяч квадратных километров. Вода в озерах чистейшего голубого цвета и прозрачности. Озеро Джулукуль является одним из самых красивых и удивительных озер заповедника, поскольку именно сюда самые ценные рыбы Алтайского края приходят на нерест. Прекрасной особенностью этого природного заповедника являются кедровые леса, которые растут на вершинах гор. Возраст некоторых здешних кедров составляет более четырехсот лет, а диаметр достигает около двух метров. Также в заповеднике насчитывается полторы тысячи различных видов высших сосудистых растений. Грибов здесь растет 111 разновидностей, 668 видов различных водорослей и 272 вида лишайника.
Сегодня достаточно сложно попасть та территорию заповедника. Но в заповеднике проводятся экскурсии, а также работа по экопросвещению. Основной целью и задачей заповедника является сохранение Телецкого озера, сохранение редких представителей флоры и фауны, сохранение его ландшафтов и изучение уникальной природы этого края. В наши дни в заповеднике функционируют четыре отдела - отдел науки, отдел экологического просвещения, отдел охраны и хозяйственный отдел.